Nach den Wahlen in den Rat und das Vizepräsidium der Synode befasste sich die Synode an ihrem zweiten Tag zuerst mit einem Assoziierungsgesuch. Die Verfassung der EKS sieht für interessierte Kirchen und Gemeinschaften die Möglichkeit einer Assoziierung mit der EKS vor. Die Schweizerische Kommende des Johanniterordens hatte Ende November 2022 ein Gesuch um Assoziierung gestellt, eine Delegation des Rates EKS besuchte daraufhin den Johanniterorden und sieht die Kriterien für eine Assoziierung als erfüllt an. Dies, obwohl der Orden nur Männern offensteht. Er wolle diese Tradition respektieren, um in Zukunft auch die Aufnahme von anderen geschlechtergetrennten Orden, wie beispielsweise evangelischen Diakonissen-Schwesternschaften, zu ermöglichen. Die Synodalen diskutierten dieses Traktandum ausführlich; kritische Stimmen monierten eine ungenügende demokratische Verfasstheit des Ordners und die Exklusivität für Männer. Die Synode beschloss weitere Gespräche mit der Kommende zu suchen und beauftragt den Rat mit der Verhandlungsführung.
Den Nachmittag widmeten die Synodalen einer breiten Diskussion über die Missionstätigkeit der Kirche und das Verhältnis der EKS zu den Missionsorganisationen. Als Basis dafür hatte die Koordinationskonferenz Missionsorganisationen und EKS, KME, ein Papier entwickelt. Dieses erläutert zunächst ein breites Missionsverständnis, dem auch der Ökumenische Rat der Kirchen und die Gemeinschaft Evangelischer Kirchen in Europa anhängen: «Mission als Reden und Handeln, Dialog und Zeugnis. […] Mission umfasst alle Lebensäußerungen, in denen sich die Kirche vom Evangelium her den Menschen zuwendet. […] martyria (Zeugnis) ebenso wie diakonia (Dienst), leiturgia (Gottesdienst) und koinonia (Gemeinschaft). Einige Aspekte der Mission rufen Menschen explizit zu Christus, während andere ein implizites Christuszeugnis sind.»
Auf dieser Grundlage fanden sich die Synodalen in der Halle des Rathauses Bern zu regen Diskussionsgruppen zusammen. Die Ergebnisse wurden im Plenum diskutiert. Austausch und Beziehungspflege sind gewünscht. Mission bedeute auch, dass die Kirche sich hier verändern lassen kann (reverse mission). Des Weiteren hielt die Ergebnissicherung fest, dass die Missionsorganisationen in den Arbeitsfeldern Bildung und Partizipationsarbeit für junge Menschen sehr gut mit Kirchen zusammenarbeiten können. Ebenso bei der weltweiten Diakonie, die die weltweite Kirche durch Partnerschaften in lokaler Kirche erfahrbar macht. Weitere Felder sind der Nord-Süd-Austausch zu Theologien, Empowerment von Frauen und Arbeit mit Migrationskirchen. Zudem stiessen die Synodalen ein Nachdenken über die Veränderung der KME als Ort für Auseinandersetzungen zwischen Mitgliedkirchen und Missionsorganisationen an. Auf der rechtlichen Beziehungsbasis seien Ziel- oder Leistungsvereinbarungen gewünscht. In Zukunft muss die finanzielle Basis verbreitert, ein Verteilkampf um Finanzen soll vermieden werden. Ratsmitglied Lilian Bachmann appellierte an die Synode, erst strukturelle Fragen zu klären, Dialoge zu führen und dann über die Finanzen nachzudenken.
Die Synode folgte nach einer komplexen Diskussion einem Antrag von BEJUSO, den Rat in Zusammenarbeit mit der KME mit der Erarbeitung einer Rahmenvereinbarung zwischen Missionsorganisationen und EKS zu beauftragen. Die Synode beauftragte gemäss einem Antrag der Kirchen BEJUSO und der Nordwestschweiz den Rat in Zusammenarbeit mit der KME ausserdem, ein kohärentes Modell für einen substanziell verstärkten Sockelbeitrag der Missionswerke auszuarbeiten. Dabei darf die finanzielle Belastung der Mitgliedkirchen im Total der Zielsummen und Sockelbeiträge an Werke und Missionen nicht wachsen.
Die Synode nahm danach den Bericht des Rates EKS zur Armeeseelsorge zur Kenntnis. Ratsmitglied Claudia Haslebacher erläuterte die Massnahmen zur Förderung der Rekrutierung zukünftiger Seelsorgenden aus den Mitgliedkirchen, zur Schaffung nachhaltiger Rahmenbedingungen in den Mitgliedkirchen und zum Prozess der kirchlichen Empfehlung für die Rekrutierung. Die Synode empfahl den Mitgliedkirchen, die Vorschläge entsprechend ihren kantonalen Gegebenheiten zeitnah umzusetzen.